โรงเรียนอนุบาลอุบลราชธานี ก่อตั้งเมื่อ เดือนมิถุนายน พ.ศ. 2487 ที่ คุรุสัมมนาคาร (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งของร้านค้าสหกรณ์ครู อุบลราชธานี) ในขณะนั้นมี นักเรียน 25 คน เปิดสอนเฉพาะชั้น อนุบาลปีที่ 1 สังกัดกองฝึกหัดครู กรมสามัญศึกษา โดยมีอาจารย์เศวต จึงเจริญ เป็นครูใหญ่ และโรงเรียนได้ขยายขึ้นเรื่อย ๆ จนปี พ.ศ. 2492 จึงเปิดสอนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 รวม 6 ชั้น จำนวน 6 ห้องเรียน

ต่อมา เมื่อมีจำนวนนักเรียนและจำนวนห้องเรียนเพิ่มมากขึ้น สถานที่ของ โรงเรียนคับแคบ ไม่สามารถขยายต่อเติมอาคารได้อีก ทางราชการจึงอนุญาตให้ใช้สนามเด็กเล่นของจังหวัดซึ่งอยู่ระหว่างทุ่งศรีเมือง กับวัดทุ่งศรีเมือง (ปัจจุบัน คือ ที่ตั้งของอาคาร 2) มีเนื้อที่ 2 ไร่ บริเวณทางทิศใต้ติดกับโรงเรียนสตรีประจำจังหวัด (โรงเรียนนารีนุกูลเดิม) โดยใช้งบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนจำนวน 5,000,000 บาท ลักษณะอาคารชั้นเดียว พื้นสูง 1 เมตร จำนวน 2 หลัง และในปี พ.ศ. 2496 จึงได้ย้ายโรงเรียนมาอยู่แห่งใหม่ เปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 มีนักเรียนทั้งหมด 243 คน จำนวน 6 ห้องเรียน โดยมี นางสาวสันทนา ทำนุนิกรชน เป็นอาจารย์ใหญ่ สังกัดกองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา

ในปี พ.ศ. 2517 โรงเรียนสตรีประจำจังหวัด (โรงเรียนนารีนุกูลเดิม) ได้ย้ายไปตั้งที่ ถนนแจ้งสนิท กรมสามัญศึกษาจึงได้อนุญาตให้รวมที่ดินและสิ่งปลูกสร้างต่าง ๆ ของโรงเรียนสตรีประจำจังหวัดเป็นสมบัติของโรงเรียนอนุบาลอุบลราชธานี ทำให้โรงเรียนมีพื้นที่ทั้งสิ้น 14 ไร่ 3 งาน 16 ตารางวา เป็นที่ดินราชพัสดุ และโรงเรียนได้รับนักเรียนเพิ่มขึ้น

ในปี พ.ศ. 2521 ได้มีการใช้หลักสูตรประถมศึกษาใหม่ ทางโรงเรียนจึงขยายชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 รวม 8 ชั้นเรียน

ใน ปี พ.ศ. 2523 ได้มีการโอนโรงเรียนประถมศึกษาทั้งส่วนที่สังกัด กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ และสังกัด กองการศึกษาประชาบาล กระทรวงมหาดไทย เป็นสังกัดใหม่ คือ สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ สังกัด กระทรวงศึกษาธิการ โรงเรียนอนุบาลอุบลราชธานี จึงสังกัด สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเมืองอุบลราชธานี สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดอุบลราชธานี สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ